在平凡的城镇的大楼楼顶上突然出现的巨型怪兽，自卫队出动。在镇上引起骚乱时，少女雪偶然得知了在同一所学校就读的哲的秘密——他把和怪兽相似的奇妙生物千子当作宠物饲养。在好奇心的驱使下雪对哲和千子的关系十分感兴趣。此时出现了操控巨大怪兽的谜之少年，突然发起战争。他们是为了什么而战？他们的正体是？被卷入战斗的雪的命运是？